首先，财务报告会计师只盖章没有签字，是否废标需看招标文件具体规定。若招标文件明确要求签字而缺失，则可能废标。其次，《招标投标法》规定，投标文件应满足招标文件要求，否则可能影响中标。建议及时与招标方沟通，明确签字要求，避免废标风险。未签字可能导致不满足投标文件要求，依据《招标投标法》，进而影响中标资格。
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处理方式如下：1.若招标文件明确要求签字而缺失，应迅速联系会计师补充签字，并重新提交财务报告，以满足招标文件要求。2.若招标文件未明确规定必须签字，可与招标方沟通，解释仅盖章的原因，并询问是否可以接受。3.如招标方坚持需要签字，而会计师无法配合，考虑更换满足要求的会计师事务所出具报告。
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处理此类问题，常见方式包括与招标方沟通、请求解释签字要求，或补充签字后重新提交。具体选择需根据招标文件要求及实际情况决定。若招标方对签字有明确要求，则应尽快补充签字并重新提交；若无明确要求，可与招标方沟通，明确其接受仅盖章的财务报告。