员工违章操作不能随意罚款。依据《行政处罚法》，罚款是行政机关的权力，用人单位无权罚款。若恶意罚款，员工可向劳动监察大队投诉或劳动仲裁维权。不及时处理可能导致员工权益受损，影响劳动关系和谐。
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处理员工违章操作，常见方式有依据内部制度扣减经济奖励或提起劳动仲裁。选择时需考虑违章性质、损失情况及员工态度，确保合法合规，维护双方权益。
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员工违章罚款需谨慎。操作方式：1. 完善内部管理制度，明确违规处罚标准；2. 违章后依据制度进行经济扣减，确保不超月工资20%且不低于最低工资；3. 若涉及严重违规，可考虑解除劳动关系并依法赔偿。