您有权要求乙方进行最终结算并全面审计。根据《合同法》，乙方拖延结算属违约，可能影响您公司权益。若不及时处理，可能导致资金被长期占用，甚至面临无法追回的风险。
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应要求乙方结算。操作如下：1.发送书面通知，要求乙方尽快完成最终结算；2.若乙方不配合，收集证据，如合同、付款记录等；3.咨询专业律师，准备法律诉讼或仲裁材料；4.如发现超额支付，依据合同条款要求乙方退还，或抵扣未来款项。
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常见处理方式包括协商、诉讼或仲裁。建议先与乙方友好协商，若协商无果，可考虑通过法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁，根据具体情况选择最适合的方式。